V ľudskom žalúdku sa nachádza tráviaci trakt, ktorého účelom je správne strávenie potravín, avšak ak príde k narušeniu jeho fungovania alebo k naštrbeniu správneho fungovania mikroflóry v črevách, vznikajú zdravotné ťažkosti. Pri vzniku takýchto ťažkostí s trávením pomáhajú práve probiotiká, ktorých úlohou je dopomôcť k návratu správneho procesu trávenia, prostredníctvom znásobovania baktérií užitočných práve pri tráviacom procese.
S črevnými problémami sa často stretávajú najmä ľudia, ktorých trápia rôzne intolerancie, či alergie, napríklad majú intoleranciu voči mliečnym výrobkom. Pre týchto ľudí sa vyrábajú špeciálne probiotiká bez laktózy, ktoré im dokážu pri prejavení trápenia uľaviť. Probiotiká bez laktózy sú vhodné nie len pre ľudí intolerantných voči laktóze ale taktiež aj pri alergikoch voči bielkovine mlieka. Takáto intolerancia alebo alergia sa môže prejavovať bolesťami, kŕčmi, nadutím brucha alebo hnačkami. Na trhu sa predávajú aj probiotiká bez laktózy a lepku zároveň. Tie sú vhodné nie len pre ľudí s intoleranciami voči mlieku, ale aj pre celiatikov, ktorých trápi práve intolerancia voči lepku.
Lepok sa nachádza v potravinách ako sú obilniny (pšenica, raž, špalda, atď.) a pri alergií naň sa po jeho zjedení táto alergia prejavuje podobne ako pri intolerancií na laktózu, napríklad nevoľnosťou, bolesťami, plynatosťou, hnačkami alebo vracaním, či dávením. Ľuďom, ktorých trápia takéto zdravotné problémy sa radia užívať probiotiká každý deň, prípadne v regulárnych časových obdobiach. Probiotiká dokážu po pravidelnom užívaní stlmiť príznaky intolerancie alebo alergie. Dokonca probiotiká určené pre ľudí s neznášanlivosťou laktózy pri systematickom používaní môžu namnožením užitočných baktérií v črevnom systéme zlepšiť tvorbu laktázy a zlepšiť tak celkovo strávenie mliečnych výrobkov.